Theo đó, các dự án đầu tư xây dựng kết cấu hạ tầng kỹ thuật và hạ tầng xã hội của khu kinh tế cửa khẩu được bố trí từ nguồn vốn đầu tư phát triển của ngân sách địa phương. Các dự án đầu tư kết cấu hạ tầng khu kinh tế cửa khẩu được hỗ trợ ngân sách trung ương theo quy định tại Quyết định 60/2010/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ. Riêng giai đoạn 2013 – 2015, hỗ trợ 70% tổng nguồn vốn từ ngân sách trung ương trong kế hoạch hàng năm cho đầu tư phát triển hệ thống kết cấu hạ tầng các khu kinh tế cửa khẩu (lựa chọn đầu tư theo Đề án được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt).

Vốn được huy động vào các dự án đầu tư tại khu kinh tế cửa khẩu bằng việc phát hành trái phiếu theo quy định của pháp luật (như trái phiếu doanh nghiệp được Chính phủ bảo lãnh, trái phiếu địa phương, trái phiếu doanh nghiệp, kêu gọi vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA)... Các tổ chức, cá nhân nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài được đầu tư trực tiếp vào khu kinh tế cửa khẩu, kể cả việc áp dụng các hình thức xây dựng –kinh doanh – chuyển giao, xây dựng – chuyển giao, xây dựng – chuyển giao – kinh doanh và đầu tư theo hình thức đối tác công – tư.

Về thuế, có nhiều ưu đãi tại khu kinh tế cửa khẩu, như: ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh nghiệp hoạt động trong khu kinh tế cửa khẩu thực hiện theo quy định của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp; giảm 50% số thuế phải nộp cho người Việt Nam và người nước ngoài trực tiếp làm việc, sản xuất kinh doanh tại khu kinh tế cửa khẩu, có thu nhập từ việc làm, sản xuất kinh doanh tại khu kinh tế cửa khẩu thuộc diện chịu thuế thu nhập cá nhân theo quy định tại Luật Thuế thu nhập cá nhân; ưu đãi về thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa, dịch vụ từ khu phi thuế quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu xuất khẩu ra nước ngoài; hàng hóa, dịch vụ sản xuất và được tiêu thụ trong khu phi thuế quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu; hàng hóa, dịch vụ nhập khẩu từ nước ngoài vào và được tiêu thụ trong khu phi thuế quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu.

Bên cạnh đó, hàng hóa, dịch vụ từ các khu chức năng khác trong khu kinh tế cửa khẩu và hàng hóa, dịch vụ từ nội địa Việt Nam xuất khẩu vào khu phi thuế quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu được áp dụng mức thuế suất thuế giá trị gia tăng là 0%, trừ những trường hợp: Hàng hoá, dịch vụ không được áp dụng thuế giá trị gia tăng 0% theo quy định; hàng hoá không thực hiện thủ tục hải quan khi xuất khẩu từ các khu chức năng khác trong khu kinh tế cửa khẩu và từ nội địa Việt Nam vào khu phi thuế quan không được ngăn cách với lãnh thổ bên ngoài bằng hàng rào cứng.

Ngoài ra, khu kinh tế cửa khẩu còn được ưu đãi về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu; ưu đãi về tiền thuế đất, thuế mặt trước, thu tiền sử dụng đất.

Quyết định có hiệu lực thi hành từ ngày 15/01/2014./.