Theo quy định của Hiệp định CPTPP, 6 nước đầu tiên phê chuẩn Hiệp định có quyền thông báo với các nước phê chuẩn sau về thời điểm bắt đầu lộ trình cắt giảm thuế. Trên cơ sở quy định đó, 5 nước gồm Ô-xtơ-rây-lia, Ca-na-đa, Nhật Bản, Niu Di-lân, Xinh-ga-po thông báo áp dụng mức cắt giảm thuế lần thứ hai cho Việt Nam từ ngày 14/01/2019. Đối với 5 nước này, Việt Nam cũng áp dụng mức cắt giảm thuế lần thứ hai từ ngày 14/01/2019. Mê-hi-cô thông báo áp dụng mức cắt giảm thuế lần thứ nhất cho Việt Nam từ ngày 14/01/2019, theo đó Việt Nam cũng áp dụng mức cắt giảm thuế lần thứ nhất từ ngày 14/01/2019. Việc áp dụng hai lộ trình riêng cho hai nhóm nước như trên đảm bảo tuân thủ cam kết và đảm bảo lợi ích cho Việt Nam.

Về thuế xuất khẩu ưu đãi thực hiện Hiệp định CPTPP, Biểu thuế xuất khẩu ưu đãi gồm 519 dòng thuế; các mặt hàng không thuộc Biểu thuế xuất khẩu ưu đãi này sẽ áp dụng thuế xuất khẩu ưu đãi 0% khi xuất khẩu sang lãnh thổ các nước thành viên mà Hiệp định CPTPP đã có hiệu lực. Để được hưởng thuế suất thuế xuất khẩu ưu đãi, hàng hóa xuất khẩu phải có chứng từ vận tải và tờ khai nhập khẩu thể hiện đích đến thuộc lãnh thổ các nước thành viên mà Hiệp định CPTPP đã có hiệu lực.

Tại thời điểm làm thủ tục hải quan, người khai hải quan thực hiện khai tờ khai xuất khẩu, áp dụng thuế suất thuế xuất khẩu, tính thuế và nộp thuế theo Biểu thuế xuất khẩu theo Danh mục mặt hàng chịu thuế tại Nghị định số 125/2017/NĐ-CP ngày 16 tháng 11 năm 2017 của Chính phủ (Nghị định số 125/2017/NĐ-CP) sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 122/2016/NĐ-CP ngày 01 tháng 9 năm 2016 của Chính phủ về Biểu thuế xuất khẩu, Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi, Danh mục hàng hóa và mức thuế tuyệt đối, thuế hỗn hợp, thuế nhập khẩu ngoài hạn ngạch thuế quan và các văn bản sửa đổi, bổ sung. Trong thời hạn 01 năm kể từ ngày đăng ký tờ khai xuất khẩu, người khai hải quan nộp bản chụp chứng từ vận tải và bản chụp tờ khai hải quan nhập khẩu và thực hiện khai bổ sung theo quy định của pháp luật hải quan để được áp dụng mức thuế suất thuế xuất khẩu ưu đãi theo Hiệp định CPTPP. Cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra hồ sơ, kiểm tra mức thuế suất thuế xuất khẩu ưu đãi, nếu hàng hóa xuất khẩu đáp ứng đủ các điều kiện quy định của Nghị định thì được áp dụng thuế suất thuế xuất khẩu ưu đãi theo Hiệp định CPTPP và thực hiện xử lý tiền thuế nộp thừa cho người khai hải quan theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.

Về thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt thực hiện Hiệp định CPTPP, Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt gồm 10.647 dòng thuế theo cấp độ 8 số và 350 dòng thuế được chi tiết theo cấp độ 10 số và Danh mục hàng hóa và thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt đối với xe ô tô đã qua sử dụng áp dụng hạn ngạch thuế quan để thực hiện Hiệp định CPTPP. Hàng hóa nhập khẩu được áp dụng mức thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt theo Hiệp định CPTPP phải đáp ứng đủ các điều kiện là thuộc Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt hoặc Danh mục hàng hóa và thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt đối với xe ô tô đã qua sử dụng; được nhập khẩu vào Việt Nam từ các nước thành viên của Hiệp định CPTPP đã có hiệu lực bao gồm cả hàng hóa từ khu phi thuế quan nhập khẩu vào thị trường trong nước; được vận chuyển vào Việt Nam từ các nước thành viên của Hiệp định CPTPP đã có hiệu lực (trường hợp quá cảnh, chuyển tải thì phải đáp ứng điều kiện quá cảnh, chuyển tải theo quy định của Hiệp định CPTPP) và đáp ứng các quy định về xuất xứ hàng hóa và có chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hoá theo quy định của Hiệp định CPTPP.

Về thời điểm hiệu lực của Nghị định, do Hiệp định CPTPP có hiệu lực đối với Việt Nam từ ngày 14/01/2019 và Nghị định sẽ được Chính phủ ký ban hành sau ngày Hiệp định có hiệu lực, Nghị định có quy định cho giai đoạn từ ngày 14/01/2019 đến trước ngày Nghị định có hiệu lực thi hành; theo đó các tờ khai hải quan của các mặt hàng xuất khẩu, nhập khẩu đăng ký từ ngày 14 tháng 01 năm 2019 đến trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành, nếu đáp ứng đủ các điều kiện để được hưởng thuế xuất khẩu ưu đãi, thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt quy định tại Nghị định và đã nộp thuế theo mức thuế cao hơn thì được cơ quan hải quan xử lý tiền thuế nộp thừa theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.