Theo đó, nguyên tắc sản xuất nông nghiệp hữu cơ là quản lý các tài nguyên (bao gồm đất, nước, không khí) theo nguyên tắc hệ thống và sinh thái trong tầm nhìn dài hạn; Không dùng các vật tư là chất hóa học tổng hợp trong tất cả các giai đoạn của chuỗi sản xuất, tránh trường hợp con người và môi trường tiếp xúc với các hóa chất độc hại, giảm thiểu ô nhiễm ở nơi sản xuất và môi trường chung quanh;  Không sử dụng công nghệ biến đổi gen, phóng xạ và công nghệ khác có hại cho sản xuất hữu cơ; Đối xử với động vật, thực vật một cách có trách nhiệm và nâng cao sức khỏe tự nhiên của chúng; Sản phẩm hữu cơ phải được bên thứ ba chứng nhận theo tiêu chuẩn quốc gia (TCVN) về nông nghiệp hữu cơ hoặc tiêu chuẩn quốc tế, tiêu chuẩn khu vực, tiêu chuẩn nước ngoài được áp dụng trong sản xuất sản phẩm hữu cơ.

Tiêu chuẩn nông nghiệp hữu cơ: Đối với  TCVN về nông nghiệp hữu cơ được xây dựng, công bố và áp dụng theo quy định của pháp luật về tiêu chuẩn và quy chuẩn kỹ thuật.

Đối với tiêu chuẩn quốc tế, tiêu chuẩn khu vực, tiêu chuẩn nước ngoài: Trường hợp sản xuất để xuất khẩu: cơ sở sản xuất áp dụng tiêu chuẩn theo thỏa thuận, hợp đồng với tổ chức nhập khẩu; Trường hợp sản xuất hoặc nhập khẩu để tiêu thụ trong nước: cơ sở có thể áp dụng tiêu chuẩn mà Việt Nam là thành viên hoặc có thỏa thuận thừa nhận lẫn nhau hoặc tiêu chuẩn nước ngoài được chấp thuận áp dụng tại Việt Nam. Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chủ trì, phối hợp với Bộ Y tế, Bộ Công Thương, các bộ, cơ quan liên quan đánh giá và công bố danh sách các tiêu chuẩn quốc tế, tiêu chuẩn khu vực, tiêu chuẩn nước ngoài hài hòa với tiêu chuẩn quốc gia (TCVN) được áp dụng tại Việt Nam. Khuyến khích sử dụng tiêu chuẩn quốc gia, tiêu chuẩn quốc tế, tiêu chuẩn khu vực, tiêu chuẩn nước ngoài làm tiêu chuẩn cơ sở.

Việc công bố tiêu chuẩn áp dụng gồm: Công bố tên, số hiệu tiêu chuẩn nông nghiệp hữu cơ áp dụng và các yêu cầu khác theo quy định pháp luật. Đối với mỹ phẩm hữu cơ ngoài quy định tại điểm a khoản này phải công bố sản phẩm mỹ phẩm theo quy định của Bộ Y tế.

Đối với việc ghi nhãn được thực hiện theo quy định tại Nghị định 43/2017/NĐ-CP về nhãn hàng hóa và quy định ghi nhãn thực phẩm, nhãn dược liệu, nhãn mỹ phẩm, nhãn thức ăn chăn nuôi, thức ăn thủy sản và việc sử dụng cụm từ “100% hữu cơ”, “hữu cơ” hoặc “sản xuất từ thành phần hữu cơ” kèm theo tỷ lệ các thành phần cấu tạo trên nhãn sản phẩm hữu cơ theo quy định tại tiêu chuẩn nông nghiệp hữu cơ; Sản phẩm hữu cơ sản xuất tại Việt Nam phải ghi rõ mã số giấy chứng nhận, ngày cấp, tên đầy đủ hoặc tên viết tắt, mã số của tổ chức chứng nhận; Sản phẩm hữu cơ nhập khẩu có nhãn không đáp ứng đầy đủ quy định tại Nghị định này thì phải có nhãn phụ theo quy định. Khuyến khích sử dụng mã số, mã vạch, gắn “Nhãn xanh Việt Nam”, nhãn sinh thái trên nhãn sản phẩm hữu cơ theo quy định pháp luật.

Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quy định mẫu lô gô và quản lý sử dụng lô gô theo quy định pháp luật. Sản phẩm “100% hữu cơ” và sản phẩm “hữu cơ” có ít nhất 95% thành phần hữu cơ được chứng nhận phù hợp TCVN về nông nghiệp hữu cơ được mang lô gô sản phẩm hữu cơ Việt Nam. Lô gô của cơ sở được sử dụng đồng thời với lô gô hữu cơ Việt Nam. Sau khi được chứng nhận sản phẩm hữu cơ, thì cơ sở có quyền in mẫu lô gô theo quy định của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn gắn trên bao bì sản phẩm và chịu trách nhiệm về việc sử dụng lô gô theo quy định của pháp luật.
 
Bên cạnh đó, Nghị định quy định rõ các sản phẩm hữu cơ phải thu hồi trong các trường hợp: Ghi nhãn, lô gô không đúng quy định; Hết thời hạn sử dụng mà vẫn bán trên thị trường; Không phù hợp với tiêu chuẩn nông nghiệp hữu cơ hoặc quy định, quy chuẩn kỹ thuật tương ứng; Bị hư hỏng trong quá trình bảo quản, vận chuyển, kinh doanh; Có chất cấm sử dụng hoặc xuất hiện tác nhân gây ô nhiễm vượt mức giới hạn quy định; Sản phẩm nhập khẩu bị cơ quan có thẩm quyền nước xuất khẩu, nước khác hoặc tổ chức quốc tế thông báo có chứa tác nhân gây ô nhiễm gây hại đến sức khoẻ, tính mạng con người. Đồng thời quy định các hình thức xử lý sản phẩm hữu cơ bị thu hồi; Trách nhiệm của cơ sở khi phát hiện sản phẩm hữu cơ không đảm bảo chất lượng.

Về chính sách khuyến khích phát triển nông nghiệp hữu cơ, ưu tiên áp dụng các chính sách đã ban hành cho phát triển nông nghiệp hữu cơ. Cụ thể, ưu tiên kinh phí khoa học, khuyến nông để thực hiện đề tài nghiên cứu, dự án khuyến nông, đặc biệt về giống kháng sâu bệnh, phân bón hữu cơ, thuốc bảo vệ thực vật sinh học, thuốc thú y thảo mộc.

Cơ sở sản xuất kinh doanh sản phẩm hữu cơ hoặc vật tư đầu vào phục vụ cho sản xuất hữu cơ được ưu tiên hưởng các chính sách khuyến khích đầu tư đối với nông nghiệp, nông thôn đã được ban hành.

Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thực hiện quản lý nhà nước về nông nghiệp hữu cơ có trách nhiệm quản lý hoạt động của các tổ chức chứng nhận sản phẩm phù hợp TCVN về nông nghiệp hữu cơ. Tổ chức chứng nhận được thừa nhận; cập nhật, thông báo tiêu chuẩn quốc tế, tiêu chuẩn khu vực, tiêu chuẩn nước ngoài được chấp thuận. Quản lý nhà nước đối với sản xuất, kinh doanh thực phẩm hữu cơ, thức ăn chăn nuôi, thủy sản hữu cơ và sản phẩm hữu cơ khác thuộc thẩm quyền quản lý theo quy định. Hợp tác quốc tế; đào tạo, tập huấn, thông tin, tuyên truyền; kiểm tra, thanh tra, xử lý vi phạm thuộc chức năng, nhiệm vụ của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.

Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương có trách nhiệm ban hành chính sách khuyến khích; phê duyệt quy hoạch, kế hoạch, dự án sản xuất hữu cơ tại địa phương. Bố trí kinh phí thực hiện các chính sách phát triển nông nghiệp hữu cơ theo quy định tại Nghị định này tại địa phương. Tổ chức thực hiện; kiểm tra, thanh tra, xử lý vi phạm trên địa bàn theo quy định.